1356年の金印勅書によって、プファルツ伯が選帝侯に選ばれるに伴い、居城都市として発展した。1378年の教会大分裂でフランスと対立すると、パリ大学に替わり、1386年にループレヒト1世がハイデルベルク大学を設立する。その後、1618〜48年の三十年戦争で街は荒廃、さらにプファルツ継承戦争の最中の1693年、フランス王ルイ14世によって街は完全に破壊され焦土と化した。その後の復興は進まず、選帝侯の居城はマンハイムに移ってしまう。