18世紀に入るとこの地を支配していたマタラム王国で王位継承問題が起こり、それは3度に渡るジャワ継承戦争へと発展した。バタヴィアに拠点を構えていたオランダ東インド会社はこの戦争に介入し、支配力を強めていった。1755年、第3次ジャワ継承戦争の結果、マタラム王国はジョクジャカルタ王国とスラカルタ王国に分裂し、事実上オランダの保護領と化した。ジョグジャカルタにはそれ以来、王宮が置かれ都とされた。独立戦争後もジョグジャカルタの王家はスルタンとして存続し、2008年現在もジョクジャカルタ特別州の知事である。