4世紀頃からヒンドゥー教徒のジャワ人が移住し、ジャワの王国の下で発展した。913年にバリ島独自のワルマデワ王朝が開かれる。その後は東ジャワのクディリ王国と良好な関係を築いてきたが、1222年にクディリ王国が滅ぼされ新興国のマジャパヒト王国が台頭すると、1342年にマジャパヒト王国に占領された。17世紀に入るとオランダ東インド会社がジャワ島に食指をのばしたがバリ島は重要視されず、侵略は免れた。しかし、1651年の謀反をきっかけに国が乱れ群雄割拠の時代となる。19世紀末になると、オランダの植民地化が本格化し、1908年に最後に残ったクルンクン王国が滅ぼされ、全土が植民地化された。1950年にオランダの支配を抜けインドネシア共和国に組み込まれてからは、リゾート地としての歴史を歩んでいる。